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　　最常見的（約90%左右）消化道癥狀為食道功能障礙，表現有吞咽困難，吞咽時胸骨后疼痛或脹悶感，飲冰水后上述癥狀更為突出（食道雷諾現象）。如果食管有炎癥，可出現胸骨后灼熱感。至疾病后期，因食管出現狹窄，吞咽更加困難，且常伴有嘔吐。
　　在消化系統中胃很少受侵犯，但腸道常常受累。腸道被累及后常出現腹脹、腹痛、腹瀉或便泌與腹瀉交替出現。由于十二指腸和空腸擴張與運動不良，有利于微生物繁殖，膽鹽分解增加，易發生脂肪瀉。少數患者可出現腸絞痛或腸梗阻等急腹癥的表現。