人體獲得性免疫缺損綜合征即艾滋病（AIDS）研究不足十年的歷史。這項研究雖已有一些成果，卻仍屬尚在進行的課題。對尚在進行的研究做方法論的考察難度較大，似乎也為時過早。但這種考察是有意義的。它既可以對AIDS研究的未來發展做方法論角度的前瞻，進而在一定程度上推進AIDS研究；也可以通過對近十年來AIDS研究的回顧，引發出現代醫學發展的方法論特征。本文對AIDS研究的考察著重于假說方法。
在AIDS研究初期，人們根據醫學常識認為，AIDS和人類其他疾病一樣，也有其致病因子，并且只有弄清AIDS的致病因子，才能說明其發病機理、才能科學地預防和治療這種新的綜合征。美國的Gallo、法國的Montagnier分別提出了關于AIDS致病因子的反轉錄病毒假說，認為AIDS的致病因子是一種反轉錄病毒。反轉錄病毒的特征在于其遺傳物質是RNA，反轉錄病毒攜帶的反轉錄酶能夠以病毒的RNA為模板制造DNA，制造出的病毒DNA能夠使自身整合進宿主細胞的基因組潛伏下來，直至被激活而制造出新的病毒粒子。這種潛伏的DNA還能啟動一個導致腫瘤形成的過程。1980年和1982年，Gallo領導的研究小組成功地分離出了人的兩種反轉錄病毒，證明反轉錄病毒可存在于人體。這兩種反轉錄病毒被命名為HTLV-I和HTLV-Ⅱ。他們在研究中發現，這兩種反轉錄病毒都通過血液和性關系傳染；并能由母親傳染給嬰兒；都經過長期潛伏后引發疾病；都侵染T淋巴細胞。Gallo和Montagnier根據反轉錄病毒、特別是人體反轉錄病毒的傳染特征與AIDS傳染特征的相似，提出了反轉錄病毒是AIDS致病因子的假說。盡管這僅僅是推論，只是假設，但正是它為AIDS研究提供了正確的方向。
接下來的工作是以假說為指導設計實驗，驗證假說，具體說就是找到致使人感染AIDS的反轉錄病毒。1983年1月，MOntagnier的實驗室在對取自一年輕同性戀患者的腫大的淋巴結的試樣進行檢測中終于找到了反轉錄酶，繼而發現了一種新的人體反轉錄病毒，這種病毒被命名為與淋巴病有關的病毒（LAV）。同年10月，Montagnier確認LAV即是AIDS的致病因子。Gallo的研究小組使驗證工作又前進了一步。他們集中力量，用大量、連續的培養法從AIDS患者的血液里培養出病原體，確定了能夠保證培養出新病原體的幾個細胞系，還研制出了供專門鑒定這種病毒用的第一批試劑。利用這種試劑他們測得，自1983年初開始從AIDS患者和處于AIDS威脅下的人身上取得的48種分離物都是同一類病毒。美國方面把這種病毒命名為HTLV-Ⅲ。不久就證明， LAV和HTLV-Ⅲ是同一種病毒，為避免同物異名引起混亂，國際組織將其命名為人體免疫缺損病毒（HIV）。至此，AIDS致病因子的反轉錄病毒假說被證實了。現在看來，可以毫不夸張地說，在AIDS致病因子研究上，沒有反轉錄病毒假說，就不會有HIV的發現。
假說的另一種轉歸是被證偽，即假說在驗證中部分地乃至全部地被否定。假說存在這樣一種歸宿是不足怪的。因為假說具有推測的性質，既然是推測就必然有或然性、有不同的發展方向和可能：或者正確、或者錯誤、或者二者兼而有之。AIDS研究中對人體免疫缺損病毒（HIV）感染的完整認識就給人以啟示。HIV是AIDS的致病因子。可是，HIV引起的感染是一個過程，在這個過程中，AIDS僅僅是一個階段，是這種感染的晚期表現。但在AIDS研究的頭幾年，人們的注意力僅僅局限于AIDS，自覺或不自覺地把HIV引起的感染簡單地歸結為AIDS。這種假說是不全面的，嚴格說來是不正確的。因為它沒有反映HIV感染的全過程，忽略了HIV感染過程中的其他環節。以這種假說為指導，既不利于對HIV感染的及時診斷，不能使患者在罹患這種疾病的早期就得到最佳治療，防止或延遲其惡性發展；也不利于對該病的預防，不能使人們及早改變行為方式、不感染這種疾病或不將HIV病毒傳給他人；還不利于對HIV感染的科學研究，使人們誤將這種感染的人群限定為少數的AIDS患者，結果遺漏了大量的無自覺癥狀或癥狀不明顯的HIV感染人群。這種遺漏直接導致了對已感染HIV或將會感染HIV人數的錯誤估計，導致了對HIV感染早期研究的放棄。隨著研究的深入，這種片面性假說終于受到了事實的挑戰。人們發現，許多患有輕度淋巴結病、但不具有其他癥狀的患者，卻存在異常的免疫狀態。這提示人們，患者在感染初期與最后發展為AIDS之間有一個無明顯癥狀的階段。對高危人群進行的血清研究也表明，AIDS病例只占受HIV感染人數的很小一部分。以此為基礎，1984年美國華盛頓特區沃爾特.里德陸軍醫療中心的研究人員提出了新的假說。他們根據構成HIV感染的各種免疫缺損指征，制訂了HIV感染進程的分類體系。在他們的分類體系中，HIV感染共有六個時期，AIDS是其最后一個時期，這個時期的診斷標準是機會感染（因免疫系統崩潰而發生的感染）的存在。到這里，把HIV感染歸結為AIDS的假說被推翻、被取代了。這種取代標志著HIV感染研究的深入。
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