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特征性的是表皮細胞內出現多數細胞質內包涵體，稱為軟疣小體。其小體擠壓每個受損細胞的細胞核，使胞核呈彎月狀，位于細胞的邊緣；軟疣小體由嗜伊紅變成嗜堿性，在角質層可見多數35μm直徑大小的嗜堿性軟疣小體，若中心的角質層破裂，排出軟疣小體，形成有中心的火山口樣。毛囊性傳染性軟疣，真皮內有多數擴大的毛囊，其中充滿了軟疣小體。電鏡觀察：細胞質內可見到病毒顆粒。