尖銳濕疣常需與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器鮑溫樣丘疹病及珍珠樣丘疹病鑒別。
(1)生殖器部位癌 皮損較硬，邊界不清，鱗狀上皮瘤有明顯的向深部浸潤，常形成潰瘍，有時應進行病理組織學檢查。尖銳濕疣一般呈乳頭狀生長，病變淺表，很少浸潤面。
(2)扁平濕疣 為梅毒二期皮疹。扁平濕疣多發生于肛周及外生殖器周圍，基底寬，無蒂，外觀扁平，疣面潮濕、光滑。暗視野顯微鏡檢查可找到梅毒螺旋體，梅毒血清反應為陽性。詳見梅毒部分。
(3)假性濕疣 又稱女性絨毛狀小陰唇，在成年女性的小陰唇內側上出現魚卵狀或細小絨毛狀、排列規則的增生物，互不融合，長期不變，醋酸白試驗陰性。
(4)生殖器鮑溫樣丘疹病 本病較少見，主要與人類乳頭瘤病毒16型感染有關。表現為生殖器部位多發性棕紅色小丘疹，直徑2～10mm。臨床上很像尖銳濕疣，但組織學上類似鮑溫病的改變。作出這一診斷必須是專科醫師。
(5)珍珠樣丘疹病 發生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹。米粒大小、圓頂、平滑，互不融合，長期不變。
(6)皮脂腺異位癥：丘疹在粘膜內無重疊生長，多為淡黃色。
(7)傳染性軟疣：單個不融合的皮色半球形丘疹，周圍光滑，中央可擠出軟疣小體。
(8)軟下疳：外生殖器皮膚損害為不規則形潰瘍，伴痛性橫痃。潰瘍面滲出物涂片可能查到杜克雷桿菌。
尖銳濕疣的診斷辨認多靠醫生的臨床經驗，但由于性病在我國絕跡多年，臨床醫生的經驗有限，難免有判斷失誤的情況，據報告有些基層醫院的誤診率可達５０－８０％；尖銳濕疣多位于大小陰唇內側、陰道口及肛門部位，病變呈淡紅、鮮紅或暗紅色米粒大或豆粒大突起的疣狀增生物，疣體濕潤、柔軟，可單個或多個并存，有時呈菜花樣典型皮損。與尖銳濕疣相類似的疾患還有假性濕疣或絨毛狀小陰唇，后者多見于小陰唇內下側，刺狀突出物與陰唇顏色相仿，狀似天鵝絨一般，但病人多無癥狀，只是白帶增多。其他容易誤診的還有處女膜贅狀物、扁平濕疣（二期梅毒疹）、皮脂腺增生等。
要準確辨別這幾種不同疾患，十分實用而簡便的辦法就是醋白試驗，即用５％冰醋酸液涂在病變部位，３分鐘后疣體發白者為尖銳濕疣，否則另當別論。或以浸有3—5％冰醋酸溶液的紗布包在可疑病變處3—5分鐘，若患處變白，則說明是亞臨床感染。
還可以做碘黃試驗，即用魯戈氏液涂后３分鐘，發黃者可以確診為尖銳濕疣。當然更可靠的辦法是做組織病理學檢查。近兩年，國內雜志已有多篇報告談到假性濕疣的鑒別診斷問題，特別提到醋白試驗。但組織病理學檢查的診斷也并非易事，有時也很難確診，仍然有賴于檢驗者的業務水平和經驗。本病的明確診斷有賴于有效的病毒培養系統的建立、組織免疫化學和分子生物工程技術ＤＮＡ探針的發展，那時就不會把假性濕疣擴大化，誤診為尖銳濕疣了。
發生于陰道或宮頸內的濕疣可能不大明顯，且變化多端，僅靠臨床檢查，可能誤診，常需做細胞學、陰道鏡及組織病理學檢查。
a.細胞學檢查：用陰道或宮頸濕疣組織涂片作巴氏染色，若發現角化不良細胞和空泡細胞混合存在，對本病有診斷價值。
b.免疫組織化學檢查：過氧化酶-抗過氧化酶抗體復合技術（即PAP法）是一種免疫學方法，采用特異性HPV的抗血清用來顯示病毒蛋白，籍此證明濕疣中的病毒抗原，較常規電鏡方法更為迅速、有效。
病理檢查有助于診斷，經棘細胞中上層出現空泡細胞最具診斷意義。
多聚酶鏈式反應(PCR)等分子生物學技術檢測HPV，此法還可用作亞型測定。但國內大多數醫療機構的PCR實驗由于條件不足，誤診現象太多，已經不足以作為診斷工具。現gopla正試圖采用基因芯片技術診斷尖銳濕疣，但由于成本仍高，并且依賴PCR將結果放大，只適用于實驗室研究，在近年難以推廣。
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