生殖器皰疹約85%～90%由2型單純皰疹病毒(HSV-2)引起，10%～15%由1型單純皰疹病毒(HSV-1)引起。

　　HSV是一種DNA病毒，核心為線狀雙鏈DNA，分子量為160×10Da，其外為一立體對稱20面體的蛋白質衣殼，由162個殼粒所組成。衣殼外是脂質被膜。HSV基因組編碼病毒特異的核心蛋白及結構蛋白，包括存在于病毒表面的糖蛋白，它們能誘導機體產生中和抗體。兩型HSV相關糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特異性抗原決定簇外，其它結構基本相似，所產生的抗體在型間有交叉反應性。HSV基因組還編碼非結構蛋白，如胸苷激酶(TK)、DNK聚合酶等，它們對病毒的復制是很重要的。由于這些病毒酶不同于細胞酶，一些能選擇性抑制病毒酶的抗病毒藥物如阿昔洛韋，就是據此而研制出來的。

　　原發性生殖器皰疹都是通過與皰疹病毒感染者通過性交直接接觸感染，HSV經過皮膚黏膜輕微的擦傷或裂口侵入上皮細胞，并在其中復制、繁殖，引起細胞的氣球變性及壞死，炎性細胞的浸潤等炎癥反應，并刺激機體的免疫反應。侵入機體的病毒沿外周感覺神經向上進入脊髓背根的感覺或運動神經節，建立潛伏感染，潛伏感染是生殖器皰疹復發的根源。潛伏病毒的激活與病毒的胸苷激酶等和機體的免疫與非免疫因素有關。潛伏的病毒受激活后，沿周圍神經軸索下行至皮膚和黏膜，引起復發。

　　感染生殖器皰疹的病因：

　　1、不潔性生活。不潔性交是感染生殖器皰疹的主要原因。生殖器皰疹幾乎都是由性接觸引起。生殖器皰疹患者是主要傳染源，傳播快、感染率高，通常在感染后3周左右發病。

　　2、外傷感染。生殖器皰疹的皰疹病毒可經皮膚或黏膜上的小小破裂傷口侵入體內，經過潛伏數日，病菌繁殖到足夠的數目便開始發病。因此，要謹慎對待破裂的傷口。

　　3、自身免疫力低下。主要是指非性接觸傳染，接觸生殖器皰疹患者的分泌物或被污染的用具，如沾有分泌物的毛巾、腳布腳盆、衣被，甚至于廁所的馬桶圈等，均可傳染。

　　4、生殖器皰疹接種感染。在治療的過程中可能將含有生殖器